许多食品生物本身就能产生大量的毒性物质和营养因子，如蛋白质抑制剂、溶血栓、神经毒素等以抵抗病原菌和害虫的入侵。现有食品中毒素含量并不一定会引起毒效应，当然如果处理不当，某些食品（如木薯）能引起严重的生理问题甚至死亡。在转基因食品加工过程中由于基因的导入使得毒素蛋白发生过量表达，产生各种毒性，从理论上讲任何基因转入的方法都可能导致遗传工程体（GMO）产生不可预知的变化，包括多向效应。